(1)促進植物生長，增強植物抗病和抗旱的能力  微生物能通過自身的生命活動，制造營養物質和參與植物營養代謝，產生生長激素及拮抗病原微生物生長繁殖的物質。

(2)協助植物吸收營養 菌肥接種于植物種子或根系上，在種子周圍及根際土壤中形成—個有益的微生物系統，促進種子的萌發和生長，促進根系生長、增強根系對養分的吸收。

(3)增加土壤肥力  各種固氮菌通過與植物的共生關系．固定空氣中的游離態氮，增加土壤的含氮量。許多微生物能產生多糖物質，可與土壤礦物膠體結合在一起，改善土壤的團粒結構，增強土壤保水保肥能力。許多微生物具有分解難溶性養分的能力，使養分有效化。微生物肥料本身不含植物生長的營養成分、通過其生命活動增加土壤的肥力是微生物肥料zui主要的功能。