施蚓糞等有機肥可以顯著改變微生物的種群結構。細菌與真菌比可以反映土壤腐熟程度和肥力水平，細菌量越多可能土壤質量越高,表明施蚓糞和牛糞比施化肥能顯著提高土壤質量。施蚓糞和牛糞處理的土壤呼吸顯著增強，這是因為施牛糞和蚓糞提高了土壤有機質水平，從而促進土壤呼吸。表明施蚓糞和牛糞能提高土壤微生物活性，提升土壤質量。施有機物料可以顯著提高土壤酶活性的結果一致。這是因為有機肥施用增加了土壤有機質，從而增加了土壤微生物的碳源，促進微生物的增殖，刺激酶活性提高。有機肥不僅可作為土壤酶的底物誘導酶活性，同時有機肥自身攜帶的微生物和酶也可增加土壤酶活性。

施蚓糞和牛糞比施化肥能顯著改善高速公路工程建設損毀土地的土壤物理性狀,提升土壤理化綜合質量并促進作物生長,施有機肥,特別是施蚓糞是快速修復高速公路工程建設損毀。