微生物有機肥與化肥配施能夠降低煙株花葉病和葉斑病發病率50%以上。研究了有機肥對紅花大金元產質量的影響，結果表明微生物有機肥和化肥配施，煙株發病率也較低。微生物有機肥含有豐富的有益微生物和有機物質，為土壤提供豐富的有機質來源的同時，還增加了土壤中微生物種群；而在提高土壤碳氮比的同時，還增加了煙株根際土壤微生物數量，增強了煙株的營養抗性，進而降低了煙株的發病率和病情指數。

增施土壤有機物質能夠提高作物的產量和品質；也有研究表明，植煙土壤中添加有機碳能夠增強煙株代謝，增加作物產量，提高烤后煙葉化學成分協調性，且該碳源部分有機大分子可直接被煙株吸收，進而增加烤后煙葉石油醚提取物含量和中性致香物質含量。而試驗結果表明，微生物有機肥施入土壤后，可改善土壤理化性狀和碳庫管理指數，同時部分有機物質能夠直接被作物吸收和轉化，進而提高煙葉產量及葉片油分和外觀質量，同時其主要化學成分協調性有所提高。