生物有機肥料具有很好的培肥效果，可以改良土壤，協調土壤中空氣與水分的比例，增加土壤生物活性，提高土壤質量。蔬菜土壤生態環境退化嚴重。隨栽培年限的延長，土壤出現了板結、酸化、鹽漬化和連作障礙等一系列問題。生物有機肥在修復設施蔬菜土壤障礙方面提供了一種新的途徑，長期施用生物有機肥可以提高土壤肥力，改善土壤理化性質，調控土壤微生物群落結構，加速退化土壤生態系統的恢復進而施用生物有機肥可以促進蔬菜生長和發育，提高其產量和品質。

重金屬元素在土壤—蔬菜體系中的累積和遷移行為較為復雜，不僅受到蔬菜品種和土壤生物化學性質的影響，還與重金屬元素本身的特性及其在土壤中的狀態有關。在通常情況下，土壤中的重金屬含量保持在一定濃度范圍內，并不表現出對環境或者作物的明顯影響，但是當土壤中重金屬含量超過其承載能力時，就會表現出一系列的危害，包括在作物中累積、抑制土壤微生物活性、污染地下水等。