微生物肥料不能代替化肥，它與化肥是互補的關系�；�肥的高滲透比和復合肥加工

過程，造成微生物的大量死亡和高額的成本，都使化肥和微生物肥料不可能復合。使用微生物肥料可以減少化肥用量、增加農產品產量、改善農產品品質，是其主要的經濟效益；改善土壤結構、保護生態環境是微生物肥料社會效益的表現。

 有機肥具有養分齊全、肥效持久的優點，但也有其明顯的缺點�；�肥養分濃度高，吸收快，但成分較單一或不齊全，改土效果較差。兩者配合施用，則可優勢互補，發揮用地與養地的雙重作用，既提高土壤生產力獲得增產，又保持地力更新。有機、無機肥配合施用，既能減少化肥的養分流失，又能減輕土壤對化肥中某些營養元素的固定，提高化肥利用率，從而從總體上提高養分的供給率。由于有機肥具有較大的陽離子交換量，因而能夠對化肥中一些易淋失的養分有效地吸附和保存。有機肥分解產少的有機酸能提高鈣鎂磷肥中遲效磷的有效性，從而提高了化肥肥效。