現有生物肥都以有機質為基礎，然后配以菌劑和無機肥混合而成。為廣泛改善這種一般性和傳統性的狀況，生物肥料產品則遠遠超越了現有概念。其將擴大至既能提供作物營養，又能改良土壤；同時還應對土壤進行消毒，即利用生物（主要是微生物）分解和消除土壤中的農藥（殺蟲劑和殺菌劑）、除莠劑以及石油化工等產品的污染物，并同時對土壤起到修復作用。
    狹義的生物肥料，即指微生物（細菌）肥料，簡稱菌肥，又稱微生物接種劑。它是由具有特殊效能的微生物經過發酵（人工培制）而成的，含有大量有益微生物，施入土壤后，或能固定空氣中的氮素，或能活化土壤中的養分，改善植物的營養環境，或在微生物的生命活動過程中，產生活性物質，刺激植物生長的特定微生物制品。